Peran pembantu direktur dalam mendukung program kerja Direktur sangat besar.  Untuk itu diperlukan sinergi positif antara direktur dan pembantu direktur  sebagai satu kesatuan pimpinan AKPELNI.  Hal tersebut disampaikan Direktur AKPELNI Drs. Djajari, M.Si dalam sambutannya pada saat melantik Pembantu Direktur  I bidang akademik, Pembantu Direktur II bidang Administrasi Umum dan Keuangan serta Pembantu Direktur III bidang ketarunaan pada hari Jum’at, 13 Nopember 2009 di Ruang Rapat kampus AKPELNI Semarang.

Pejabat baru yang dilantik adalah Bambang Sugito, ANT-II selaku Pembantu Direktur I menggantikan Iwan Suwanto, ANT-II, Drs. Wuryo Husodo, MM selaku Pembantu Direktur II menggantikan Subandi, SH serta Wawan Pribadi, S.Pel  selaku Pembantu Direktur III.  Dalam kesempatan tersebut Direktur juga mengucapkan terima kasih atas kerjasama dan pengabdian Pembantu Direktur yang lama dalam mendampingi Direktur selama ini.

Hadir dalam kesempatan tersebut selain Pejabat yang dilantik, Direktur, Senat Akademi, Perwakilan dosen dan staf administrasi, perwakilan resimen taruna hadir juga Pembina Yayasan Wiyata Dharma yang diwakili Capt. Supadi, Pengawas Yayasan Wiyata Dharma yang diwakili Capt. Cahyu, Ketua I Yayasan Wiyata Dharma Achmad, M.MarE, Ketua II Yayasan Wiyata Dharma Capt. Ahmad Sulistyo, Sekretaris II Yayasan Wiyata Dharma A. Harry Poerwanto DS, SE, ketua Umum CAA Capt. Soehariyo, Sekretaris Umum CAA Capt. Bambang Pitono.

Setelah upacara pelantikan dilanjutkan dengan pembekalan terhadap pejabat yang baru dilantik oleh Ketua Yayasan, Pembina, Pengawas serta CAA yang pada intinya dengan kebutuhan perwira pelayaran yang ada saat ini baik dalam negeri maupun internasional, menjadi tugas berat bagi AKPELNI yang harus diprogramkan oleh pejabat baru menjadi langkah-langkah strategis untuk tetap mempertahankan dan meningkatkan kualitas lulusan AKPELNI.  Disamping itu, kepada pejabat baru juga dipesankan agar dalam mengemban amanat ini dilandasi dengan jiwa pengabdian dan keihlasan.

Disampaikan juga bahwa masa bakti Pembantu Direktur yang baru cukup pendek, yaitu sampai Maret 2011 menyesuaikan dengan masa bakti Direktur, dengan harapan dimasa mendatang menjadi satu paket antara Direktur beserta pembantu Direktur agar terjadi sinergi positif dalam melaksanakan tugas sehari-hari.